PYMOL

做分子对接用pymol可视化时,小分子化合物和蛋白质之间...

在PyMOL中进行分子对接并可视化时，如果小分子化合物和蛋白质之间没有显示氢键，可能是由以下几个原因造成的：1.氢键参数设置不当：在 PyMOL 中，需要设置合适的参数来显示氢键。例如，使用命令 show hbonds 来显示氢键，并可能需要调整 h_bond_max 参数来改变氢键显示的最大距离。2. 氢键检测算法问题：有

分子动力学模拟软件vmd,安装到电脑后(版本正确),但...

1.通过网址下载Pymol的wheel文件以及必须的wheel文件（https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol-open-source）2.将下载好的三个...

科学可视化软件介绍 – PyMOL

PyMOL是一个开源但同时又是专有的分子可视化软件，由Warren Lyford DeLano博士于2000年左右开发。在2003年，DeLano博士创立了DeLano Scientific LLC公司，专注于PyMOL的继续开...

Pymol自动化显示小分子 - 蛋白相互作用

编写一个Pymol脚本，该脚本利用Pymol自带的distance命令来判断小分子与蛋白质之间的相互作用，包括氢键、盐桥、PiPi、CationPi等。运行脚本：在终端中运行命令pymol qc show...

pymol蛋白和小分子离很远怎么办 - 编程语言 - CSDN问答

可以使用Pymol命令来修改坐标,例如使用alter命令修改原子坐标,或者使用translate命令平移整个分子。检查蛋白和小分子的选择:确保在加载蛋白和小分子...

Pymol可以把两个蛋白结构进行对比么?

Pymol可以把两个蛋白结构进行对比么?引言：在蛋白质结构生物学中，研究蛋白质-蛋白质相互作用是理解细胞功能、信号传导、疾病机制等生物学过程的...

用pymol可视化蛋白质3D结构,为什么二级结构出现碎片化...

书接上文，在安装和了解PyMOL基础操作的基础上，我们就可以进一步做蛋白质结构的可视化了。前期PyMOL的安装和基础操作的教程在链接如下，需要的...

pymol显示结合口袋

pymol显示结合口袋的方法是：打开PyMOL->Plugin->(Plugin Manager)->Install (New) Plugin->找到GetBox Plugin.py安装->重启PyMOL->安装成功...

pymol有什么用

Pymol是一个在结构生物学研究和可视化工作中非常重要的工具，主要具有以下用途：强大的结构显示和分析功能：Pymol能够制作出炫酷且具有视觉冲击力的结构模型，是展示和分析...

pymol中查看配体时出现问题,Autodock输出文件的坐标...

用Autodock进行分子对接后,将文件用pymol 3.0 打开查看,发现配体显示不全该怎么解决?在Autodock中打开,显示的配体小分子是完整的。这种情况该...