haploseq
怎么分析一个细菌的基因组数据?
鉴于Haplosaurus主要针对药物设计的特定基因检查，它不适合生成蛋白质组范围的序列数据库。同样，PrecisionProDB从个体相位基因型创建蛋白质单倍型数据库，但不适合处理种群参考面板。在此，研究者介绍ProHap：一个轻量级的生物信息学工具，可以有效地从大型人类单倍型参考面板构建蛋白质序列数据库。Pr
transformer还能再改吗?
Haploomni: Unified single transformer for multimodal video understanding and generation 方法：HaploOmni是一种高效的单Transformer模型，用于多模...
请问用什么软件分析序列单倍型?
map): plink.pedmap2hap() # Fasta: seqs2hap() # HapMap: hmp2hap() # Table: table2hap() # 从VCF开始单倍型鉴定 hap...欢迎您引用如下文章： Zhang, R., Jia, G. & Diao, X. geneHapR: an R package for gene haplotypic statistics and visualization. BMC...
GWAS单倍型分析和PRS分析?
PLINK/SEQ：功能：测序数据支持：作为 PLINK 的扩展版本，PLINK/SEQ 增加了对测序数据的支持，能够处理外显子组测序和全基因组测序等数据。遗传分析...HaploSuite：功能：单倍型推断：使用特定的算法从基因型数据中推断出可能的单倍型组合。连锁不平衡分析：评估 SNP 之间的连锁不平衡程度，以了解基因...
组装了一个没有gap的T2T基因组,但又说没有鉴定到某条...
Strand-seq，以及现代短读长技术，如stLFR、TELL-seq和haplotagging（它们产生来自基因组约100 kb片段的短读长簇，成本较低）。
基因共表达模块分析到底是做什么的?
这表明在Haplorhini分化与Strepsirrhini之后，NUMT插入经历了一次激增。在有袋目中，类似于我们对塔斯马尼亚恶魔（S. harrisii）的观察，最近的...因此，由于不同物种基因组测序和RNA-Seq的样本来源不同，检测特定个体的NUMTs表达具有挑战性。然而，根据核遗传密码，我们发现平均99.2%的NUMTs...
如何通过snp位点找到候选基因?
a one-factor model, a one-factor residuals model, a two-factor model, and a latent growth model.Haplo2PedDescription:HaploPainterDescription...such as RAD-seq.STRait Razor v2sDescription: A tool for short tandem repeat (STR) analysis. It also contains a database of about 2...
基因分型如何进行分析?
map): plink.pedmap2hap() # Fasta: seqs2hap() # HapMap: hmp2hap() # Table: table2hap() # 从VCF开始单倍型鉴定 hap...如果您在您的研究中的使用了geneHapR，欢迎您引用如下文章： Zhang, R., Jia, G. & Diao, X. geneHapR: an R package for gene haplo...
基因组测序获得了HiFi、Hi - C和DNB数据,后续应该如何...
对于输出的每个图（graph），Hifiasm也会输出一个简化版本（xx_nnoseq_xx.gfa），这个版本没有易于可视化的序列。低质量区域的坐标会以bed格式...
2023 年,生物学领域发生了哪些大事件?
此外，经RNA测序(RNA-seq)检测，在所有转化的ESC中，多个原始ESC富集基因下调，而在4CL和5iLAF ESC中，原始多能性网络被更强地激活。基因本体(GO)分析显示，在4CL和5iLAF ESCs中，与干细胞群体维持和DNA修饰相关的基因表达丰富，而在PXGL ESCs中，轴突导向和神经分化相关基因表达丰富。这些结果表明，4