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如何用HaploView软件进行Hardy - Weinberg平衡监测...

可以是用plink实现，同时生成ped和map文件，这两个文件是Haploview软件的输入文件。plink --vcf SNP_raw.vcf \# 输入VCF 文件 --maf 0.05 \ # 过滤次要等位基因频率(MAF <5%) --geno 0.1 \ # 过滤缺失率>10% 的位点 --hwe 0.001 \ # 过滤偏离哈迪-温伯格平衡的位点(p <0.00

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Haploview做单倍型教程1 - - 软件安装

首先，我们需要下载Haploview软件。访问官网：broadinstitute.org/hapl...，根据您的操作系统（Windows或Linux）选择对应的版本进行下载。安装过程相对简单，完成后打开Haploview。

第三篇:Haploview做单倍型教程3 - - 结果解读

上图展示了常见的LDblock结构，用于解读分析结果。SNP在染色体的分布 SNP的物理位置在最上方，分布呈现均匀或不均匀状态。SNP的名称信息中间是SNP的名称，通过细线联系在一...

计算300m以内的LD衰减 - 运维 - CSDN问答

你可以考虑使用其他工具,如 PLINK 自带的 LD 计算功能,或者其他类似的软件,如 Haploview 或 R 语言的遗传流行病学包。

LD衰减计算的结果过大 - 运维 - CSDN问答

考虑使用其他专门用于 LD 衰减分析的软件,例如 PopLDdecay 或 Haploview,它们可能提供更高效的计算方法。完整代码示例: # 数据质控 plink --...

plink文件使用Haploview进行单倍型分析

首先，您可能会遇到vcf文件转换为plink格式或者excel文件转换为plink格式后直接导入到Haploview时遇到的错误。解决方法是重新使用plink工具对这些数据进行处理，以确保数据正确无...

求助haploview挑选SNP

haploview挑选SNP，选取一个靶基因的时候，力求获取这个基因的全部信息。如果不做其他变动，单纯输入基因的名称，默认的是mRNA长度的序列，没有内含子或启动子的信息。针对一...

GWAS单倍型分析和PRS分析?

Haploview：功能：连锁不平衡分析：能够计算连锁不平衡指标，如 D’ 和 r，以评估 SNP 之间的关联程度。单倍型推断：根据基因型数据推断...