rmsd

RMSD（均方根偏差）是分子动力学模拟中用于量化分子结构偏离参考结构程度的核心指标，通过计算原子坐标偏差的平方均值并开方得到，单位为Å（埃），其分析需结合体系类型...

RMSF反映了原子在给定时间内的动态行为，即其自由度或灵活性。总结来说，RMSD关注的是瞬时结构偏差，而RMSF则侧重于时间内的结构变化分析。这两者在轨迹分析中各有其重要性...

在比如我们想看看动力学产生的构象和同家族蛋白的 rmsd 数值，我们也可以用reference命令，比如此次选择其家族另外一个亚型的蛋白 Poly [ADP-ribo...

protein, select='name CA') # 以自身第1帧为参考 R.run() t = R.rmsd[:,1] / 1000.0 # ps->ns r = R.rmsd[:,2...

在动力学模拟中,Root Mean Square Deviation(RMSD)是用来评估模拟构象与参考构象之间的结构差异的一种方法。当在Linux终端中执行动力学模拟时,经常会出现RMSD计算时的周期性波动或者不稳...

1. RMSD（均方根偏差）：评估结构稳定性RMSD图通过计算蛋白质结构与初始构象的原子位置偏差，反映其随时间的变化趋势。初始阶段RMSD值快速下降，表明系统从非平衡态向稳定...

导入成同一个分子的两帧，Extensions→Analysis→RMSD Trajectory Tool，选区选要计算RMSD的组，关掉noh(如果你想包括氢)，先用Align做对齐，再...

将RMSD乘以 VR 幅度以找到建模和测量的 SS-OCV 之间可能的电压差。RMSD 用于计算 SS-OCV 误差，因为它代表整个数据拟合的平均偏差。这意味着...

VMD（Visual Molecular Dynamics）是一款广泛应用于生物大分子系统三维...其核心功能涵盖从静态结构观察到复杂动力学行为解析的全过程，在蛋白质...