rmsd
RMSD和RMSF
RMSF和粒子的B-factor是相关的。可以参考如下资料： http://en.wikipedia.org/wiki/Debye%E2%80%93Waller_factor 如果用更简单的语言来表达的话， RMSD表示的是分子...
RMSD VS RMSF
在轨迹分析中，RMSD（均方根偏差）和RMSF（均方根波动）是两个常用的指标，它们通过对位移的平方和求平均值来衡量结构的稳定性。RMSD关注的是单个时间点上结构相对于参考...
两个蛋白分子对接?
多个对接结构的能量（分数）与参考状态（表位 RMSD）的关系图。注意漏斗，因为对接结构会聚在低能量构象上。这种复杂的方法即使对于超级计算机也是...
为什么从蛋白质的一级结构准确预测其三维结构那么难...
GDT-HA是GDT-TS分数的高精度版本，其距离界限较小。Cα原子的RMSD测量了蛋白质模型中Cα原子与其天然结构的均方根偏差，描述了Cα原子位置的...
蛋白质构象评价指标
蛋白质构象评价指标主要包括几种方法，如Root Mean Square Deviation (RMSD) 和其变形Levitt-Gerstein score、MaxSub以及Template Modeling Score (TM Score)。RMSD通过计算对...
namd是什么意思
RMSD值即均方根偏差（Root Mean Square Deviation）。在统计学上，这个量就相当于标准差,反映的是数据偏离平均值的程度。在蛋白质结构解析，模...
分子对接rmsd能说明什么
分子对接rmsd能说明RMSD值是两个分子之间（或者同一个分子的两个状态之间）的结构差异。分子对接方面则经常把结晶在蛋白质上的配体提取出来，拿...
GROMACS蛋白配体分子动力学模拟结果分析简要笔记
RMSD：均方根误差表示结构变化的平均距离，蛋白质 RMSD 揭示构象稳定性，蛋白质和配体 RMSD 变化趋势判断模拟稳定性。提取 RMSD 数据，计算蛋白质 RSD 变化图。RMSF：表征...
gmx rms rmsf rmsdist
RMSD 是对原子总数求平均, RMSF 是对单个原子时间求平均RMSD表示的是分子结构变化的程度,而RMSF值表示的是分子中各个原子运动的自由程度rmsd 计算的是某个结构(N个原子)相对于参考...
GROMACS教程【01】分子动力学模拟结果分析常用命令(一...
执行RMSD分析的命令通常如下，并且数据结果记录在“rmsd.xvg”文件中。均方根涨落（RMSF）提供了结构变化对时间的平均值，用于表征结构的柔性。执行RMSF分析的命令将数据结果...