soapdenovo
SOAPdenovo2的安装使用
SOAPdenovo2是一款常用用于序列组装的软件，用户可在GitHub上下载并进行安装。安装过程相对简单，用户可通过使用git下载和make编译来进行。如遇问题，可访问GitHub的issues页面...
一文详解基因组denovo组装原理和实战
实战中，选择合适的数据，下载并准备配置文件。配置文件中设置最大读取长度等参数。运行SOAPdenovo，生成contig、scaffold序列文件等结果。六点网还封装了SOAPdenovo2的CWL流...
SOAPdenovo安装使用 - 服务器 - CSDN问答
SOAPdenovo是目前使用率最高的工具(华大组装了大量的动植物基因组)，效率也挺好，就是错误率也高 Minia是内存资源最省的工具，组装人类基因...
为什么很少有人用hisat2+stringtie+ballgown发转录组...
SOAPdenovo-Trans在高表达基因处达到峰值，表明其强烈倾向于检测高表达的isoform。另一方面，Oases在绘图的极右端达到峰值，即在包括大多数基因之后...
如何进行基因组组装?方法有哪些?
再通过图的遍历找到最优路径来重建原始序列。选择合适的方法取决于基因组的复杂性、测序技术和数据量，常用的软件有SPAdes、SOAPdenovo和Canu等。
关于从重测序数据中提取基因序列 - 服务器 - CSDN问答
可以使用 Trinity、SOAPdenovo 等拼接软件。 使用BLAST 或 Bowtie2 将 Contigs 比对到参考基因组或已知基因序列,查找目标基因所在的 Contig。
soapdenovo怎么使用
1 使用程序及参数：SOAPdenovo可以一步跑完，也可以分成四步单独跑 一步跑完的脚本:./ SOAPdenovo all -s lib.cfg -K 29 -D 1 -o ant >>ass.log 四步单独...
二代测序数据组装基因组
SOAPdenovo2的组装过程涉及创建配置文件并输入参数，而minia则以其低内存占用和简单操作吸引人，但可能牺牲部分组装效果。最后一步是评估组装效果，这不仅能检验工作成效，也...
二代测序组装完整基因组,有映射比对组装(mapping...
由于现代测序技术尚不能一次性测得整条染色体的完整序列，因此需要通过从头组装（de novo genome assembly）的方法，将短小的读段拼接起来，还原...
作为生信小白,怎样用做RNA - Seq的流程分析?
当没有可用或不完整的参考基因组时，RNA-seq reads可以通过组装成转录组进行de novo组装，使用包括SOAPdenovo-Trans，Oases，Trans-ABySS或...